太阳能发电系统的价格在1993年度曾一度高达370万日元/kW，而10年后的2003年度已经下降到了69万日元/kW。但之后则基本不变，2007年度维持在70万日元/kW左右。这一数值换算成发电成本为49日元/kWh，约为家用电费20多日元/kWh的两倍。所以太阳能发电的成本还太高。
日本的太阳能电池系统导入量过去一直位居全球首位，但在2005年被德国超出，之后差距不断拉大。国际能源机构的数据显示，截至2007年底日本的太阳能电池累积采用量为1.92GW，而德国约为这一数值的两倍，达到了3.86GW。这一差距源于经济实力。太阳能电池在日本较贵，而在德国则较为“合算”。其原因在于德国的太阳能电池普及制度。德国立法规定电力公司必须以数倍于通常电费的价格购买太阳能电池产生的电力。因此用户导入太阳能电池较为合算。也就是说，通过政策推动了需求。
日本也在政策上对普及家用太阳能电池进行援助。1994年开始实行补助制度，发放90万日元/kW的补助金，金额接近系统价格的一半。但是，该补助制度随着补助金额的逐渐减少于2005年度终止。而就在这一年，累积采用量被德国赶超。
日本从2009年1月起再次恢复了面向家庭用途的补助制度。每kW补助7万日元。这一金额相当于系统价格的约1成。补助金的资金由税收支出。另外，日本经济产业大臣二阶俊博2009年2月24日宣布，日本也将考虑实行与德国一样的制度。目前正在研究收购价格，方案以约为家用电费的两倍即40～50日元/kWh为轴心。用以实现该补贴价格的资金可能会均摊追加到民用电费中。日本的经产省资源能源厅推算，“以家用电费的两倍收购时，普通家庭的负担每月将增加约100日元”。这部分费用将由所有用电家庭来承担。对此可能会出现反对意见。
按照经产省的设想，将为上述补助及支援制度限定期限，在这一期间让电力公司通过技术开发来大幅降低发电成本，在没有补助及支援制度的情况下也可仅凭市场经济实现自律普及。所以技术将决定太阳能电池的命运。等到太阳能电池可以和普通发电展开成本竞争时，日本才能成为真正意义上的太阳能电池大国。
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